選用質量合格的微生物肥料質量低下、雜菌含量高或過期的產品不能施用。應選擇有可靠技術背景和技術來源、質量性能穩定的菌肥。

　　創造適宜的土壤環境土壤過分干燥，應及時澆灌。大雨后要及時排除田間積水，改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。

　　量體裁衣選擇菌肥有些菌肥只含有根瘤菌，那就只能在豆科作物上應用。有的菌肥只含鉀細菌(硅酸鹽菌肥)，對缺鉀土壤和作物效果較好，但對氮、磷貢獻就太小了，所以選擇菌肥時要因種而異。