果樹爛根的主要原因是施肥不當、高溫、凍害、水澇和害蟲咬傷、病害侵染所致。

一、粗放管理
【1】果園長期不中耕，果園滅草全部依靠滅草劑，只滅了雜草，而不能疏通土壤的通氣性。致使活土層長期處于嚴重板結狀態，而且把果樹的根系引向地表層，既不抗旱，又不耐澇。雨后造成土壤通氣不良，根系窒息而大量落葉。同時除草劑的殘留還會造成隱形藥害，傷害根系，衰弱樹勢。
【2】不注重保持樹體營養，夏季不追肥，秋季不施基肥。根系的營養不是靠施肥就能解決，根系吸收的礦質元素傳輸到葉片，經過光合作用后產生有機產物才是根系營養物質的來源，所以對于葉片的護養對于根系的健康生長也是十分重要的。
二、施肥不當
【1】施用未腐熟的基肥，會造成雜菌污染根系，其攜帶的大量病菌、害蟲、鹽分等，都會對根系造成嚴重損傷。
【2】追肥時因施肥過于集中，把大量的化肥施在樹根附近，或施用高濃度液體肥料，或施肥后不及時澆水，常造成樹根及枝干受害。
【3】連年在地表使用基肥，溝越開越淺，或者直接撒施，會導致根系上浮，使根系受損。
三、病蟲侵害
【1】地下害蟲較多，蟲子咬傷根部，造成傷口，土壤中的腐生性病原菌侵染內部組織，引起果樹爛根。
【2】常見的果樹根部病害主要有白紋羽病、紫紋羽病、根朽病、根結線蟲、根癌病、根腐病、白絹病等。
四、環境因素
【1】夏季因烈日暴曬表土溫度高，易燒傷靠近地表的根部，而冬季低溫又可使淺根受凍。
【2】在多雨年份和排水不良的果園，因長時間積水發生水澇窒息爛根。